RSS订阅

实验动物

您现在的位置:首页>研究进展>实验动物

利用Illumina MiSeq测序平台分析野生树鼩粪便微生物多样性

2019年01月10日 浏览量: 评论(0) 来源:中国实验动物学报2018年第6期 作者:张飞燕 金洁 马玉华 王芸 张庆宇 赵玲 邬继文 吕龙宝 责任编辑:admin
摘要:应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验 动物奠定基础。

目的:应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验 动物奠定基础。

方法:在云南昆明野外捕捉3只野外成年雄性树鼩,采取粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~ V4 区,采用Illumina  MiSeq测序平台对树鼩粪便微生物进行研究。

结果:共测序获得181657条有效序列与624个 OTU,shannon稀释曲线证明此次测序量能够覆盖样本中的绝大部分物种。 树鼩粪便中的细菌共鉴定出9个门、17个 纲、31个目、56个科、124个属和172个种。 其中,(1)优势门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别 为68.38%和20.52%;(2)丰度最高的纲为为芽孢杆菌纲(Bacilli)54.81%和拟杆菌纲(Bacteroidia)20.52%;(3)乳杆 菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%;(4)优势菌科为链球菌科 (Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),为 40.52%和12.13%;(5)乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属 (Streptococcus)的丰度最高,分别为20.03%和19.62%;(6)有益菌群如乳酸杆菌属、乳球菌属丰度相对较高,双歧杆 菌属丰度较低,但在所检测样本中都含有;(7)16s功能预测发现:氨基酸转运与代谢、碳水化合物转运与代谢等功能 丰度较高。

结论: 应用高通量测序技术,第一次较全面的检测了野生树鼩粪便菌群,野生树鼩粪便细菌组成具有丰 富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。 

全文阅读:利用Illumina MiSeq测序平台分析野生树鼩粪便微生物多样性 

相关文章
  • 没有相关内容!
点击这里给我发消息 点击这里给我发消息 点击这里给我发消息